世界贸易组织的基本原则主要有六大原则，一是互惠原则，也叫对等原则，是WTO最为重要的原则之一，是指两成员方在国际贸易中相互给予对方贸易上的优惠待遇。它明确了成员方在关税与贸易谈判中必须采取的基本立场和相互之间必须建立一种什么样的贸易关系。在过去的国家贸易中发达国家出口制成品，进口原材料和劳动力，占据着绝对优势，导致国际间的贫富差距不断扩大，产生了一系列世界性金融问题，互惠原则要求各国共同发展，缩小贫富差距，促进国家之间的金融平衡。
二是透明度原则，WTO成员方应公布所制定和实施的贸易措施及其变化情况，没有公布的措施不得实施，同时还应将这些贸易措施及其变化情况通知世贸组织。此外，成员方所参加的有关影响国际贸易政策的国际协定，也应及时公布和通知WTO。例如日本在2015年向中国出口海产品的时候，隐瞒了海产品的产地在日本福岛海域附近，有可能受到核辐射污染，这就违背了透明度原则。
三是市场准入原则，世界贸易组织市场准入原则是可见的和不断增长的，它以要求各国开放市场为目的，有计划，有步骤，分阶段的实现最大限度的贸易自由化。我国长期以来实行计划经济，市场开放幅度不及西方国家，因此在2017年底政府经济工作会议中，就提出要扩大开放水平，逐步减少负面清单中的内容，主动扩大进口。
四是促进公平竞争原则，世界贸易组织不允许缔约国以不公正的贸易手段进行不公平竞争，特别禁止采取倾销和补贴的形式出口商品，对倾销和补贴都做了明确的规定，制定了具体而详细的实施办法，世界贸易组织主张采取公正的贸易手段进行公平的竞争。
五是经济发展原则，也称鼓励经济发展与经济改革原则，该原则以帮助和促进发展中国家的经济迅速发展为目的，针对发展中国家和经济接轨国家而制定，是给予这些国家的特殊优惠待遇。
六是非歧视性原则，这一原则包括两个方面，一个是最惠国待遇，另一个是国民待遇。成员一般不能在贸易伙伴之间实行歧视;给予一个成员的优惠，也应同样给予其他成员。这就是最惠国待遇。国民待遇原则是指对其他成员方的产品、服务和服务提供者及知识产权所有者和持有者所提供的待遇，不低于本国同类产品、服务和服务提供者及知识产权所有者和持有者所享有的待遇。区分最惠国待遇和国民待遇最主要的依据在与主体不同，最惠国待遇针对的是一个国家(整体)，而国民待遇针对的是企业和商品(个体)。例如2014年韩国向中国和日本进口紫菜，对日本的紫菜征收百分之三的关税，对中国的紫菜征收百分之十的关税，对不同的国家采取不同的关税政策，这就违背了最惠国待遇。
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